全球有多项研究发现，武汉肺炎患者即使病征轻微，心脏、肺部等器官亦会有损害。有专家担心随着更多康复者器官受损，长远对全球医疗系统造成负担，并认为未来有必要跟进康复者的状况。
意大利帕维亚临床科学研究所（Clinical Scientific Institute）心脏科主任佩德雷蒂（Roberto Pedretti）说："我们在医院看到的只是冰山一角。我们现在集中治疗武汉肺炎病人让他们康复，但我们应同时关注病毒在未来对健康的影响。"佩德雷蒂担心随着更多肺部受损的康复者出现，长远对全球医疗系统形成负担。
多项研究指武汉肺炎会导致肺纤维化，中国3月一份研究报告提到，有"广泛"证据指出"肺纤维化可能是武汉肺炎患者的主要（长期）并发症之一"。国际医学期刊《刺针传染病》（Lancet Infectious Diseases）4月公佈的一项研究指，目前尚未清楚病毒对肺部造成的变化是否无法治癒。英国紧急情况科学谘询小组（Scientific Advisory Group for Emergencies）曾警告，武汉肺炎病人可能会出现"数个月的疲劳及呼吸急促"。
部份专家相信，病征较轻微的患者身体同样会受影响。荷兰胸科和结核病医生协会主席警告，当地数以万名武汉肺炎康复者，肺部可能会遭受永久性损害。虽然很多呈阳性的患者病情不算严重不用入院，但仍有可能留下永久性损害。
另外，专家称不仅身体状况较差的患者才会有严重症状，较健康的人也会受到影响。斯温伍德（Ema Swingwood）说："我们见到一些身体完全健康正常、有良好运动量及肺功能的人，肺部同样出现问题。"医生巴克斯特（Noel Baxter）指目前很难判断病毒会造成甚么程度的损害、以及肺部恢复的程度，"目前很难知道。但似乎部份人最终会有一些长远（健康）问题"。
武汉肺炎除了损害肺部，有研究指部份病例反映病毒会损害大脑、肝、肾、心脏和血管。《美国医学会杂志心脏病学》（JAMA Cardiology）3月一份研究指出，416名在武汉住院的患者当中，有1/5出现心脏受损。研究人员亦发现，即使患者没有潜在心脏问题，也可能出现同样状况。德州大学心脏科医生马吉德（Mohammad Madjid）说："武汉肺炎可透过多种途径影响心血管系统，病毒或会直接影响心肌，令它无法发挥应有的作用，导致心律失常。"他补充在严重情况下有高风险形成血块，导致心脏或肺部问题，甚至中风。
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