中国研究团队透过武汉肺炎病毒全基因组分子进化分析，发现病毒已经进化出L和S两个亚型，这两个亚型在地域分佈以及人群中的比例相差甚远。而且根据病毒的演变方式，作者认为这两种亚型的传播能力，致病严重程度或许截然不同。
中国科学院主办的《国家科学评论》3日发表题为《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》的论文，指出武汉肺炎病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。对不同亚型的深入了解，将有助于新冠肺炎的差异化的治疗和防控。
研究人员意外发现，相对古老的S亚型病毒并没有因为在人群中传播的时间延长，而感染更多的人。基因组数据表明，感染S亚型的比例占30％，反倒是相对年轻的L亚型病毒的感染比例占70％，而且每个L型病毒株比S型携带了相对更多的新生突变。
L亚型在武汉疫情爆发的初期阶段更为普遍，而L亚型的发生频率在2020年1月初后有所下降。作者认为，人为干预可能对L亚型施加了更大的选择性压力，如果没有这些干预，L亚型可能更具侵略性和扩散得更快速。
另一方面，由于选择压力相对较弱，在进化上较老且攻击性较小的S亚型可能在相对频率上有所增加。这些发现意味着，目前迫切需要结合基因组数据、流行病学数据和武汉肺炎患者临床癥状图表记录，进行进一步的全面研究。
另外，值得注意的是，103个样本显示，大部分患者只感染了L亚型或S亚型中的一个。但其中一位近期有过武汉旅行史的美国患者分离出的病毒株，显示其可能同时感染了L亚型和S亚型新冠病毒。不过，作者表示目前还无法排除新突变型的可能性。
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